În medicină progresul este constant şi, de-a lungul anilor, periodic s-au confirmat ipoteze care la un moment dat au fost doar teorii îndrăzneţe. Însă în ceea ce priveşte metodele de tratament există doar două mari categorii după cum sunt bazate pe principiul contrariilor sau, respectiv, principiul similarităţii.

Primul a stat la baza a aproape întregii practici medicale din antichitate până în prezent, tratamentul constând în combaterea simptomelor prin diverse mijloace, de exemplu antitermice pentru febră, antiemetice pentru vărsături, colecistokinetice pentru staza biliară, antibiotice pentru infecţii şamd. Principiul similarităţii este şi el cunoscut din antichitate fiind mentionat în medicina veche indiană (în lucrarea Charaka-Samhita) şi de către Hipocrat, părintele medicinei, în lucrarea sa "Despre vechea medicină". Adepţii lui Hipocrat însă au respins ideea administrării unor remedii "magice" conform teoriei signaturilor bazată pe asemănări morfologice, de culoare, consistenţă etc. între organul bolnav şi substanţa folosită... astfel încât principiul contrariilor a rămas să domine gândirea terapeutică medicală timp de sute de ani.

Principiul asemănărilor a fost preluat de medicina spagirică, între sec. XIV-XVII, în care alchimia este aplicată sistematic în tratament. Astfel, alchimia admitea că unirea în anumite proporţii a unor principii fundamentale - sulf, mercur, sare - determină viaţa, boala şi moartea. Ele pot fi influenţate de medicamente dinamice adecvate care pot fi recunoscute prin "signaturi", asemănări între organul bolnav şi planta sau mineralul folosit din care se extrage esenţa cu rol curativ prin procedee alchimice. Cicatricile se pot trata cu scoarţa unor copaci, bolile de rinichi cu plante ale căror frunze sunt reniforme, icterul şi bolile de ficat cu plante având flori sau sevă galbenă etc. Preotul-medic Athanasius Kircher (1602-1680), cu un secol înaintea lui Hahnemann (1755-1843), susţinea că fiecare otravă este propriul ei antidot dacă este folosită în doze foarte mici. Administrarea diluţiilor din agentul patogen reprezintă însă o abordare izopatică mai degrabă decât una homeopatică.

Deşi principiul similarităţii a fost cunoscut înaintea sa, este meritul lui Hahnemann că l-a revalorizat şi că a construit, pe această bază, o metodă coerentă de tratament. Experimentul făcut în 1790 cu scoarţa arborelui de Cinchona l-a convins că o substanţă capabilă să producă anumite simptome la un om sănătos poate eradica simptomele similare ale unui om bolnav, acesta fiind tocmai principiul similarităţii. În paragraful 25 din Organonul Medicinei el spune că "experimentele veritabile - singurul ghid infailibil în arta vindecării - ne învaţă prin toate testele conduse conştiincios că medicamentul care a produs la un corp uman sănătos cel mai mare număr de simptome similare celor ale bolii, este singurul care o va vindeca".

Pentru confirmarea acestui principiu Hahnemann aduce numeroase dovezi din literatura medicală a timpului referitoare la vindecări aparente sau reale observate de medici pe parcursul evoluţiei naturale a bolilor (acest lucru fiind posibil datorită mijloacelor terapeutice foarte modeste în acel timp, bolile urmându-şi de cele mai multe ori cursul lor natural). El vorbeşte astfel de boli similare şi disimilare, din punct de vedere al simptomelor prin care se manifestă (indiferent de clasificarea lor din punct de vedere medical) şi despre modul în care ele se influenţeaza şi coexistă sau nu în acelaşi organism.

Despre bolile disimilare el spună că "cea mai puternică o suspendă pe cea mai slabă - doar dacă nu se complică una cu cealaltă, cum rareori se întâmplă în afecţiunile acute - dar niciodată nu se vindecă una pe cealaltă" (Organonul Medicinei, paragraful 37). De ce este important acest lucru ? Pentru că în general efectul unui tratament alopatic este asemănător unei boli naturale disimilare, adică nu face decât să remita temporar simptomele dar nu vindecă boala cu adevărat. Şi dacă în natura nu se întâmplă acest lucru de ce să-l facem noi, folosind medicamente alopate, conform principiului contrariilor ?

Alta este situaţia în cazul bolilor similare. În paragraful 45 din Organonul Medicinei Hahnemann spune că "două boli, diferite în natura lor dar foarte asemănătoare în manifestările şi efectele lor, respectiv suferinţe şi simptome, întotdeauna şi în mod inevitabil se anihilează una pe cealaltă de îndată ce ele se întâlnesc în organism. Nu este greu de înţeles de ce cea mai puternică o distruge pe cea mai slabă: are o acţiune similară şi, fiind predominantă, ea ocupă exact acele părţi ale organismului până atunci afectate de cea slabă care, din moment ce nu mai poate acţiona, dispare... ". În sprijinul acestei afirmaţii el aduce mai multe exemple de vindecări homeopatice naturale, multe dintre ele la bolnavii de variolă care supravieţuiseră acestei boli dar care, cu această ocazie, se vindecaseră şi de alte afecţiuni eliminate de variolă prin similaritate: "... o persoană oarbă de 2 ani dupa supresia unei erupţii a scalpului şi-a recăpătat complet vederea dupa variolă... Tumefierea testiculelor, chiar foarte severă, este un simptom comun al variolei; de aceea ea a putut, prin similaritate, să vindece o tumefacţie mare şi dureroasă a testicolului stâng cauzată de un traumatism... " etc.

Efectul remediului homeopatic ar fi acela că induce "o boală artificială", foarte asemănătoare celei naturale pe care o are pacientul (dar puţin mai puternică) şi pe care astfel o elimină. Având o durată limitată în timp, această "boală artificială" dispare de la sine şi, împreună cu ea, şi cea naturală. Astfel se explică de ce uneori după remediul homeopatic pacientul poate resimţi o creştere temporară în intensitate a simptomelor (deşi acest lucru nu este obligatoriu şi poate fi evitat dacă se administrează potenţa adecvată).

Experimentele făcute de Hahnemann corelate cu observaţiile multor alţi medici referitor la evoluţia naturală a bolilor arată că există două categorii principale de tratamente "... prima, bazată în toate privinţele pe observarea atentă a naturii, pe experimente meticuloase şi experienţă autentică, metoda homeopatică, niciodată folosită cu bună ştiintă înaintea mea şi a doua, care nu respectă aceste lucruri, metoda alopatică (heteropatică)." (Organonul Medicinei, paragraful 52). Sigur că mulţi medici din zilele noastre ar combate cele spuse de Hahnemann dar să nu uităm, pe de o parte starea precară a medicinei la începutul sec. XIX faţă de care homeopatia a fost un mare pas înainte şi, pe de altă parte rezultatele bune pe care homeopaţii le obţin în multe situaţii, ghidându-se după învăţăturile lui Hahnemann de acum aproape 200 ani !